Nastanek ognojka ob fistuli povzroča bolečine in povišano telesno temperaturo. Če sta prizadeta zadnjik in danka, imajo bolniki pogosto boleče izločanje blata (defekacije), boleče pozive na izločanje blata (tenezme) in krvavo ter sluzasto blato. Bolj pogoste so anaIne fisure (to so razpoke v sluznici zadnjične odprtine). Bolniki, ki imajo stenozantno obliko bolezni, se najpogosteje pritožujejo zaradi hudih, krčevitih bolečin v trebuhu in zaprtja, ki se izmenjuje z drisko, ko se oz. če se zapora sprosti. Prizadetost tankega črevesja pogosto pripelje do podhranjenosti zaradi okvarjene ali nepopolne absorpcija hranil v črevesju (malabsorbcija). Kadar je prizadet zgornji del prebavne cevi, se lahko bolezen kaže s slabostmi, bolečinami v žlički, bruhanjem, zavračanjem hrane in bolečinami ob požiranju.