Blage oblike bolezni običajno zdravimo s protivnetnimi zdravili iz skupine 5-ASA (5-amiqosalicilna kislina). Sem prištevam o sulfasalazin, olsalazin in mesalazin. Pri bolnikih, ki na to zdravljenje ne reagirajo, je možno poskusiti zdravljenje z metronidazolom ali ciprofloksacinom. V poštev lahko pride tudi zdravljenje s posebno obliko kortikosteroida (budenoside), ki se sprošča le v končnem delu tankega črevesja. Zmerne oblike bolezni običajno zdravimo s kortikosteroidnimi zdravili. Ker imajo ta zdravila veliko resnih stranskih učinkov, naj bi bilo zdravljenje z njimi čim krajše. Ob zagonu bolezni so včasih učinkoviti tudi antibiotiki, predvsem metronidazol in ciprofloksacin.